Ich hab bei meiner Umstellung einfach ein neues IMAP-Konto parallel erstellt und die benötigten Mails aus dem alten POP3-Konto per Drag&Drop in die entsprechenden IMAP-Ordner gezogen.
Ob eine direkte Umstellung funktioniert weiß ich nicht, habe allerdings schon von Problemen gehört. Ich würd dir von abraten!