Markieren funktioniert bei mir zeichenweise mit Shift+Pfeiltasten sowie wortweise mit Strg+Shift+Pfeiltasten. Bei gedrückter Shift-Taste kann ich die Markierung auch erweitern oder wieder verkleinern, das funktioniert ebenfalls zeichen- oder wortweise. Doch wenn ich anschließend - also wenn ich z.B. zwei Wörter markiert habe - den Cursor mit den Pfeiltasten bewege (ohne gedrückte Shift-Taste), dann bewegt sich der Cursor nach rechts, links, oben oder unten (je nachdem, welche Pfeiltaste ich drücke), ohne dass die Markierung aufgehoben wird. Tippe ich nun - bei bestehender Markierung - ein Zeichen ein, dann wird der markierte Text durch das eingegebene Zeichen ersetzt. D.h. die Markierung ist nicht nur optisch vorhanden, sondern funktioniert wie erwartet (also so, wie ich das z.B. aus einer Textverarbeitung kenne). Nur durch einen Mausklick kann ich die Markierung entfernen.
Zu Deiner Zusatzfrage: Es laufen ein paar Programme, die zusätzliche Tastenkombinationen einrichten bzw. verwenden. Aber zum einen ändert sich das Verhalten in TheBat! nicht, wenn ich diese Programme beende, und zum anderen müsste das Phänomen IMHO auch in anderen Programmen auftreten.