In den neuen TheBat und SecureBat Versionen kann man S/Mime auf die Microsoft Crypto API umschalten. Damit greift man automatisch auf den Windows Zertifikatsstore zu.
Das Problem hierbei ist, dass X.509-Zertifikate nicht nur für S/Mime, sondern auch für SSL (POP3S, SMTPS) Verbindungen genutzt werden. Bei eingeschalteter Option „Microsoft Crypto API“ können keine SSL Zertifikate in das Adressbuch on the fly (Zertifikate, die direkt vom Mailserver geliefert werden) importiert/angenommen werden.
derzeitiger Workaround: Zum Importieren von SSL-Zertifikaten temporär auf “Interne Einbindung“ umschalten.
Ich würde für zukünftige Versionen vorschlagen, dass man auch die SSL-Zertifikate auf den Microsoft Zertifikatsstore umschalten kann.