Ich bin mir nicht sicher ob das geht und kann es gerade auch nicht testen. Von der Idee her sollte das nicht (ausschliesslich ueber IMAP) moeglich sein, da IMAP deine Mails nicht abholt und lokal abspeichert, sondern dir Zugriff auf die entfernte Struktur ermoeglicht. Es ist zwar moeglich alles abzuholen, aber selten sinnvoll. Gerade mobil ist das keine gute Idee. Der Vorteil liegt ja darin, dass Du die gleiche Struktur ueberall hast. Koenntest Du das lokal anders machen, waerst Du wieder bei POP3.
Eine Moeglichkeit waere, die Mails in ein zweites Konto zu kopieren und dort zu sortieren. Wenn das Konto nie von irgendwo Mails abruft sollte das ganz gut gehen. Eventuell kann man auch was mit virtuellen Ordnern machen, da bin ich mir nicht sicher, das benutze ich selten. Vielleicht kann da wer anders was zu sagen. In der neusten Version von TB! gibt es Tags. Die koennte ich mir auch nuetzlich vorstellen, vielleicht in Verbindung mit den virtuellen Ordnern.
Bei Thunderbird gibt es, wenn man ein IMAP-Konto hat auch noch einen "Lokalen Ordner" oder so, unter (nicht untergeordnet) der IMAP-Inbox. Dieser Ordner und seine Kinder sind komplett lokal und werden vom IMAP nicht wahrgenommen. Die kann man dazu nutzen. Ob das in TB! moeglich ist, weiss ich nicht.
Edit: Ich glaube was Du brauchst sind Common Folders/Gemeinsame? Ordner. Die Mails sind dann aber weg vom IMAP wenn Du sie dahin verschiebst. Du koenntest sie kopieren. Aber dann kriegst Du erstens Redundanz und langfristig sicher auch Inkonsistenz.